В 1900 г. было открыто правильное движение на Забайкальской дороге (1036 вер.), на Иркутск-Байкальской ветви (64 вер.) и на Никольской ветви от Уссурийской железной дороги к Китайской границе (до Гродекова, 92 вер.), всего 1192 вер. В этом же году была окончена постройка парома-ледокола, начавшего совершать с апреля месяца того же года правильные рейсы через озеро Байкал. В 1901 г. открыто движение на Кайдаловской ветви Забайкальской дор. (321 вер.). В 1903 г. открыто движение на остальных 12 вер. Никольской ветки (Гродеково-Пограничная), соединившей через посредство Китайской Восточной железной дороги, открытой с 1 июля того же года для правильного движения, Уссурийскую железную дорогу с остальной частью Сибирского пути. В 1904 г. открыто правильное движение на уч. Мысовая — Танхой (54 вер.) Кругобайкальской дороги и временное движение на остальной части этой дороги (Танхой — Байкал), а с 1905 г. — и правильное движение на этой части (190 вер.). Кругобайкальская линия, по количеству и трудности работ на ее сравнительно коротком расстоянии, превосходит все выстроенные в начале 20 века в России рельсовые пути. Трудность постройки увеличивалась тем, что работы производились почти в неприступной местности, по скалистым обрывам, нависшим над озером Байкал, при суровом климате и при возможности сообщения по озеру лишь в тихую погоду. Особенностью этой линии по сравнению со всеми другими участками Сибирской магистрали является устройство 33 тоннелей, а также подпорных стенок на цементном растворе, виадуков и акведуков. Все это чрезвычайно увеличило ценность постройки Кругобайкальской дороги, обошедшейся по расценочной ведомости 1902 г. в 212431 рубль на версту. С постройкой этой дороги, сданной для эксплуатации Забайкальской дороге, открылось непрерывное железнодорожное сообщение на всем протяжении Великого Сибирского пути, составляющем к 1 января 1906 г. 5646 вер., не считая Китайской Восточной дороги (линия Маньчжурия — Харбин — Пограничная, 1389 вер.); сверх того, ветвей общего пользования 33 вер. В состав пути входят три самостоятельные дороги: Сибирская (3137 вер.), Забайкальская (1679 вер.) и Уссурийская (830 вер.); последняя с 1 августа 1906 г. сдана временно в эксплуатацию обществу Китайской Восточной железной дороги. Общая стоимость сооружения Сибирского пути к 1 января 1905 г. определилась в 385 млн. руб., что составляет на версту 70188 руб. В частности на Сибирскую дорогу приходится 203 млн., Забайкальскую — 128 млн. (кроме Кругобайкальского уч., стоимость которого, по предварительным сведениям — 63 млн. руб.), Уссурийскую — 54 млн. С завершением постройки Сибирской дороги проезд от Москвы до Владивостока (8122 вер.) совершается в скорых поездах в 12 суток. 13 часов и стоит во II классе около 169 руб. 18 ноября 1904 года состоялось Высочайшее повеление об укладке 2-го пути в горных участках Сибирской магистрали. На эти работы отпущено по смете 1905 г. 10 млн. руб. Указом 15 декабря 1905 г. комитет Сибирской железной дороги упразднен. Сооружение Сибирского пути послужило поводом для постройки или проектирования целого ряда новых железнодорожных путей, имеющих целью облегчить выход сибирским грузам в Европейскую Россию или предназначенных служить питательными и подъездными путями к Сибирской магистрали. К числу первых дорог относятся, кроме Пермь-Котласской, Северная железная дорога от Санкт-Петербурга до Вятки (в 1906 г. открыта для правильного или временного движения) и Пермь-Екатеринбургская желелезная дорога (строится). Из числа проектированных питательных путей наиболее серьезное экономическое значение представляет Туркестано-Сибирская железная дорога. После окончания войны с Японией, повлекшей за собой уступку последней южной части Кит. Восточной железной дороги, вновь поднят вопрос о постройке Амурской железной дороги (около 1760 вер.) ввиду соединения Хабаровска с Сибирской магистралью рельсовым путем, пролегающим сплошь по русской территории; предпринятые с этой целью изыскания должны быть закончены в 1907 г. и летом того же года намечена постройка головного участка Амурской дороги от Сретенска до станицы Покровской на Амуре.
По мере расширения сети и развития движения рос и дефицит, особенно увеличившийся вследствие войны с Японией, вызвавшей сокращение грузового движения и возвышение расходов. В 1899 г. дефицит на версту составлял 786 руб., а в 1904 г. — 6792 руб.